ImageJ – un programa para analizar e procesar os ficheiros de imaxe. O programa é capaz de analizar a imaxe efectiva e recibir os datos técnicos detallados. ImageJ soporta a maioría dos formatos de imaxe e ten un conxunto de ferramentas de edición. O software permite producir as varias transformacións xeométricas, cree os histogramas de densidade, conducir visualización 3D, executa as operacións lóxicas e aritméticas entre imaxes, etc. ImageJ é capaz de traballar simultaneamente con varias imaxes, aplicar filtros diferentes e realizar o procesamento en lote de arquivos. ImageJ contén moitos plagins que se estenden moito as capacidades do software.